Mossø og dens nærmeste omgivelser, i alt ca. 1.460 ha land og 1.600 ha vand, blev fredet i 1973/1974 for at bevare det unikke landskab, fuglelivet og sikre offentlig adgang. Fredningen (Naturbeskyttelsesloven nr. 9) omfatter søen og landarealer indtil nærmeste offentlige vej, hvilket sikrer områdets oprindelige præg og naturværdier. Mossøfredningen med den specifikke fredningsbeslutning for Mossø-området blev besluttet og offentliggjort i 1997 omfatter hele Mossø og landområderne til nærmeste landevej omkring søen. Desuden er Gudensø, området omkring Gudenåen mellem Mossø og Gudensø samt området syd for Gl. Rye indeholdt i fredningen. Den store fredning af Mossø grænser groft sagt op til de offentlige veje, der fører omkring søen. Det er et af Danmarks mest markante landskaber.
Området omkring Mossø er et af de mest imponerende landskaber i landet. Her findes landets højeste bakker som Ejer Bavnehøj, Møllehøj, Yding Skovhøj og Himmelbjerget. En lang række af søerne i området gennemstrømmes eller er fordundet med Gudenåen - herunder også Mossø og Skanderborg Sø. Landskabet fik sin nuværende udformning af isen i den sidste istid, der sluttede for omkring 15.000 år siden. Dengang var Gudenåen en kæmpe flod, der fyldte hele dalen. Den kunne ikke løbe ud i Randers Fjord, da fjorden var dækket af is. I stedet løb den ud i Limfjorden ved Skive. Senere fulgte den nuværende Skals Å, og først da isen i Randers Fjord smeltede, kunne den få sit nuværende leje. Hver gang åen ændrede sit løb, faldt vandstanden, og der opstod nogle flade områder, de såkaldte terrasser. En meget stor terrasse findes mellem Mossø og Salten Langsø.
Mossøfredningen fra 1997 er en national dansk fredning, der beskytter Mossø og tilgrænsende landområder som et markant landskab med søer og vådområder. Natura 2000 derimod er et EU-baseret netværk af beskyttede områder, der inkluderer Mossø som del af et større habitatområde (nr. 52: Salten Å, Salten Langsø, Mossø m.fl.), udpeget i 1998-2004 for specifikke arter og naturtyper.
Mossøfredningen er en selvstændig national beskyttelse under dansk naturfredningslovgivning - modificeret flere gange, og overlappes delvist af Natura 2000.
Natura 2000-området nr. 52 er et EU-habitatområde (H48) og fuglebeskyttelsesområde på 4.470 ha, der kræver aktiv forvaltning via 6-årige planer for at sikre gunstig bevaringsstatus for sjældne arter, naturtyper og habitater. Det omfatter flere fredede områder, inkl. Mossøfredningen.
Nedenstående beskrivelse fra plakat på Vædebrovej 41.
